Istnieje kilka teorii dotyczących powstania i znaczenia nazwy Czyżykowo. W "Nazwach miast Pomorza Gdańskiego" wyjaśnia się jej pochodzenie, jako połączenie polskiego przezwiska Czyżyk z niemieckim słowem dorf oznaczającym wieś. Bliska jest jej teoria wywodząca nazwę bezpośrednio od gatunku ptaka, ponieważ to Czyżyki miały w znacznej liczbie zimować na łąkach w okolicach wsi. Niemiecka nazwa wsi poprzez różne warianty (Zieschendorf 1750 r., Zischkendorff 1753 r., Ziskendorff 1780 r.) ustaliła się ostatecznie w 1803 roku jako Zeisgendorf i jest prawie dosłownym tłumaczeniem nazwy polskiej (Zeisg (Czyżyk) i Dorf (wieś).  

Pierwsza wzmianka o wsi pochodzi z roku 1333. W czasach krzyżackich miał znajdować się w niej dwór (wzmiankowany w 1328 r.), który w 1333 r. został wymieniony przez braci zakonnych na tereny w Zajączkowie. Nie znamy jego lokalizacji, ale pojawiająca się przed wojną nazwa „Zamek nad Wisłą” dotycząca domów przy ul. Ceglarskiej i Nadbrzeżnej mogą być jej daleki echem. Przez kilka wieków wieś składała się z folwarku oraz dwóch osad – znajdującego się bliżej Tczewa Małego Czyżykowa (Czyżykówka) i właściwego Dużego Czyżykowa (Czyżykowa). W 1451 r. wieś zostaje nadana Fryderykowi von Eppingen. Otrzymuje on również wiślaną wyspę, przez którą przebiegał szlak przeprawy przez rzekę, a także prawo połowów ryb. Bardzo wcześnie, bo około XIV wieku miała na terenie Czyżykowa powstać cegielnia. Ceglarstwo funkcjonowało kilkaset lat w oparciu o bogate zasoby miejscowej gliny. Pamiątką po tych czasach jest nazwa ul. Ceglarskiej oraz ceglany mur i dom ceglarza znajdujące się na końcu dzisiejszej ulicy Nadbrzeżnej. Do okresu wojny funkcjonowała cegielnia parowa (na dzisiejszym terenie osiedlowych sklepów), należąca do ówczesnego właściciela folwarku Preus.

Czyżykowo, wobec zakazu osiedlania się Żydów w miastach Pomorza, było pierwszym miejscem osadnictwa żydowskiego w pobliżu Tczewa. Wyznawcy judaizmu osiedlili się za zgodą właściciela wsi - biskupa włocławskiego, zbudowali dom modlitwy i niewielki cmentarz na terenie obecnego stadionu przy ul. Bałdowskiej. Po I rozbiorze i ustawach emancypacyjnych Żydzi przenieśli się do miasta. W czasach pierwszego najazdu Szwedów wieś opuszczają właściciele i zostaje ona przekazana przez Gustwa Adolfa II mieszczanom tczewskim. W 1629 roku na rozkaz króla szwedzkiego wzniesiono wokół Czyżykowa fortyfikacje ziemne. Podczas potopu (1656-1660) musiało ono znacznie ucierpieć, skoro na planie bitwy z 1658 roku jest oznaczone jako zburzona wieś. W 1778 r. mieszczanie Tczewa skarżą się na Bystrama, właściciela Czyżykowa, przez którego działalność miasto omijają flisacy i osoby podróżujące Wisłą. Produkował on we wsi piwo i wódkę, którą następnie sprzedawał w trzech wiejskich karczmach oraz sezonowych budach stawianych nad brzegiem rzeki. W 1803 roku Małe Czyżykowo liczy 12 domów, a Duże Czyżykowo 98 budynków mieszkalnych. Dla porównania w tym samym okresie w Tczewie było 200 domów. Okres napoleoński przyniósł, podobnie jak dla pobliskiego Tczewa, dalsze zniszczenia we wsi. Podczas bitwy o miasto z 23 lutego 1807 r. spłonęło Małe Czyżykowo. W związku z istnieniem przeprawy wiślanej, w 1813 utworzono chroniący przyczółek mostowy Szaniec Czyżykowski, który był najrozleglejszym z umocnień wzniesionych w Tczewie z rozkazu cesarza Napoleona. W drugiej połowie XIX wieku na terenie przy dzisiejszym boisku szkoły im. Księcia Sambora II swój cmentarz założyli Baptyści. Funkcjonował on prawdopodobnie do końca II wojny światowej.

Wieś posiadała własną szkołę, o której pierwsze wzmianki pochodzą z 1838 r. Był to niewielki budynek, znajdujący się przy dawnym wyrobisku na ul. Czyżykowskiej. W 1906 w budynku przy ul. Czyżykowskiej 17 powstał pięcioklasowa publiczna szkoła podstawowa - obecnie znajduje się w nim Zespół Szkół Kupieckich. Kolejna szkoła została oddana do użytku 6 września 1960 r. jako Szkoła Podstawowa im. 700-lecia Tczewa - obecne Gimnazjum nr 1. W 1890 r. wieś liczyła 1 350 osób i była jedną z największych w ówczesnym Powiecie Tczewskim.

Włączenie Czyżykowa do Tczewa nastąpiło po długich targach z radą wsi w 1908 roku. 29 grudnia 1911 założone zostało w Tczewie Niemieckie Towarzystwo Osadnicze, które 20 lutego 1912 otrzymało pod zabudowę obszar nad Wisłą przy Czyżykowie (rejon ob. ulicy Reja i Ceglarskiej). Podzielono go za pośrednictwem Królewskiej Komisji Kolonizacyjnej w Poznaniu na 16 działek, które zasiedliło odpowiednio: 1 rolnik, 1 stolarz, 3 robotników rolnych i 11 pracowników kolejowych. Teren tej koloni po przyłączeniu Tczewa do Polski przejął Związek Inwalidów Wojennych i przemianował je na Osiedle Inwalidzkie. Przed rokiem 1939 istniały plany budowy kościoła katolickiego na Czyżykowie, u zbiegu ulic Czyżykowskiej i Wiejskiej (ob. Starowiejskiej). Miał on mieć formę bazyliki z kopułą doskonale widoczną z drugiego brzegu Wisły czyli terytorium Wolnego Miasta Gdańska. Podczas okupacji wybudowano na terenie Czyżykowa kilkanaście charakterystycznych domów przy ul. Nowomiejskiej i Staromiejskiej. Po wojnie na terenie dawnego folwarku utworzono PGR, a w roku pięćdziesiątym pomiędzy ulicami Czyżykowską i Bałdowską powstały pracownicze ogrody działkowe im. Henryka Sienkiewicza. Prawdziwy rozwój osiedla nastąpił w latach sześćdziesiątych, kiedy to wybudowano bloki naprzeciw ogrodów działkowych oraz charakterystyczne punktowce przy ul. Konarskiego i Orzeszkowej. Następnie wybudowano czteropiętrowe bloki na terenie dawnego folwarku (ul. Polna, Orkana) i pomiędzy ulicami Konarskiego i Ceglarską[/b]. Łącznie powstało 27 budynków, które całkowicie odmieniły wygląd dawnej wsi. Na potrzeby mieszkańców bloków wybudowano ciepłownię na węgiel przy ul. Ceglarskiej. W 1965 uruchomiono komunikację autobusową łączącą osiedle z obecnym placem Hallera i dworcem PKP. Autobusy kursowały obecnymi ulicami Nowowiejską, Czyżykowską i wracały przez Starowiejską. Dopiero w 1976 roku powstała funkcjonująca do dnia dzisiejszego pętla autobusową. 13 sierpnia 1969 roku, na terenie Czyżykowa miała miejsce największa katastrofa lotnicza w historii Tczewa. O godzinie 21:21 samolot wojskowy MIG 21 w wyniku awarii spadł na teren ogródków działkowych. Pilot kpt. Zenon Doliński zginął na miejscu. W 1983 roku utworzono kolejny ogród działkowy – Nad Wisłą. Największymi inwestycjami lat 90tych było uporządkowanie niecki czyżykowskiej oraz budowa kolektora ściekowego.