W trakcie wojny z Brandenburczykami, którzy rościli sobie prawo do Pomorza Gdańskiego, książę Kazimierz, namiestnika księcia Władysława Łokietka na Pomorzu, wezwał do pomocy Zakon Krzyżacki. Krzyżacy, przepędzili brandenburczyków, ale jednocześnie zajęli całe Pomorze Gdańskie jako „zastaw” do czasu zapłaty za pomoc. Dodatkowo odkupili od Margrabi Brandenburskiego Waldemara za niewielką sumę 10 tys. grzywien prawo do całego terytorium pomorskiego, co zostało potwierdzone przez samego cesarza niemieckiego. Tym sposobem, mimo sprzeciwu i trwającego cały czas konfliktu z Polską, na blisko 160 lat Pomorze Gdańskie, a wraz z nim Tczew znalazły się pod panowaniem Krzyżackim. 

Zdobycie miasta przez Krzyżaków nie pociągnęło za sobą wielu ofiar. Co prawda Krzyżacy spalili zamek zbudowany jeszcze przez księcia Sambora II, a pożar rozszerzył się prawdopodobnie na część miasta, ale uczynili to po opuszczeniu Tczewa przez załogę polską. Kazimierz, namiestnik Pomorza odstąpił od obrony grodu zadowalając się potwierdzeniem nietykalności własnego majątku i osoby. W ręce zakonu dostał się przywilej lokacyjny, pieczęć miejska i księga prawa lubeckiego.

Pierwszym posunięciem nowych władz było zniesienie dotychczasowych przywilejów i praw miejskich oraz groźba wypędzenia tych mieszczan, którzy nie godzili się na nowe porządki. Krzyżacy dokonali wielu zmian w samym mieście: wytyczyli nowy, lecz nawiązujący do poprzedniego, układ ulic z rynkiem, zlikwidowali umocnienia ziemne i na ich miejscu zbudowali mury miejskie, zbudowali ratusz oraz znajdujący się poza murami szpital im. św Jerzego. W Tczewie  powstało wójtostwo tczewskie, do którego należały: Sobowidz, Skarszewy, Kościerzyna,  Stara Kiszewa oraz Nowe nad Wisłą. Siedzibą wójta tczewskiego był zamek zbudowany prawdopodobnie w miejscu zniszczonego  zamku Sambora, ale wójtowie przebywali częściej w dobrach lubiszewskich, gdzie powstała większość dokumentów dotyczących ziemi tczewskiej. Po zbudowaniu zamku w Sobowidzu w 1357 roku wójt tczewski przeniósł się tam na stałe.

W 1364 wielki mistrz Winrych von Kniprode nadał miastu nową lokację miasta na prawie chełmińskim, a do roku 1383 Krzyżacy nadali jeszcze miastu cztery przywileje regulujące zakres praw i obowiązków mieszczan w stosunku do zakonu.

W trakcie Wielkiej Wojny z zakonem (1409 – 1411) wojska polsko-litewskie przejściowo zajęły Tczew, a na polu bitwy Grunwaldzkiej poległo wielu mieszkańców miasta, z wójtem Matthiasem von Bebernem. Mimo militarnego triumfu Polski pierwszy pokój toruński (1411) pozostawił Tczew i całe Pomorze w granicach państwa zakonnego. Od tego momentu  rozpoczyna się okres powolnego upadku miasta. W 1433 roku Tczew został zajęty przez oddziały polsko-husyckie, wezwane przez króla polskiego w celu opanowania  Pomorza. Miasto ucierpiało znacznie od pożaru wywołanego przez podpalenie przedmieści.  W 1440 r. Tczew przystąpił do Związku Pruskiego,  którego zadaniem było reprezentowanie interesów i przywilejów miast wobec władz zakonnych.

W czasie wojny trzynastoletniej (1454-1466) Tczew opowiedział się za przyłączeniem do Polski. Został zdobyty w pierwszym roku wojny roku przez Krzyżaków i stał się bazą wypadową przeciwko Gdańsku. W 1457 roku krzyżacka załoga miasta składająca się w przeważającej mierze z najemników poddała się stronie polskiej w zamian za zapłacenie zaległego żołdu. Ostatecznie na mocy II pokoju toruńskiego w 1466 r. Tczew został przyłączony  do Polski.