Początki kościoła sięgają 1978 roku, kiedy to Wikariusz Generalny bp. Zygfryd Kowalski upoważnił proboszcza parafii św. Józefa do podjęcia wstępnych czynności związanych z budową nowej świątyni. 12 października 1979 r. parafii oddano w użytkowanie wieczyste teren przy ulicy Rokickiej. 8 sierpnia 1980 roku ustanowiono samodzielną parafię NMP Matki Kościoła i rozpoczęto budowę drewnianej kaplicy. 8 grudnia 1980 roku, w święto Niepokalanego Poczęcia NMP, odbyła się pierwsza Msza Św. Poświęcenie kaplicy miało miejsce 21 grudnia tego samego roku. 15 września 1982 roku po Mszy Św. w kaplicy, następuje oficjalne rozpoczęcie budowy kościoła. Kamień węgielny został wmurowany w dniu 11 czerwca 1984 roku. Był on niezwykły, ponieważ w jednym bloku umieszczone zostały trzy kamienie z bazylik rzymskich - Św. Jana na Lateranie, Matki Boskiej Większej i z kościoła Quo Vadis, które poświęcił papież Jan Paweł II w Rzymie, dnia 6 października 1983 roku. Kościół został zaprojektowany przez prof.dr.hab.inż.arch. Leopolda Taraszkiewicz z Politechniki Gdańskiej, który miał już doświadczenie w projektowaniu obiektów sakralnych. Konsekracja największego kościoła w Diecezji Pelplińskiej miała miejsce w dniu 15 września 1998 roku. W uroczystości uczestniczyło 250 kapłanów i 15 tysięcy wiernych. Konsekracji dokonali Nuncjusz Apostolski w Polsce Ksiądz Arcybiskup Józef Kowalczyk i Pierwszy Biskup Pelpliński Prof.dr hab. Jan Bernard Szlaga- w obecności arcybiskupów i biskupów: Henryka Józefa Muszyńskiego, abpa gnieźnieńskiego, Mariana Przykuckiego, abpa warmińskiego, Andrzeja Śliwińskiego, bpa elbląskiego i Piotra Krupy, bpa pomocniczego pelplińskiego. W dniu 5 czerwca 1998 roku kościół odwiedził Prymas Polski Kardynał Józef Glemp, który celebrował tam Mszę Św.